Pergunta:
O montante do ISS (Município do Rio de Janeiro), quando cobrado do usuário / contratante do serviço, deve ser somado ao preço do serviço e novamente tributado?

Resposta:
Sim. Como norma básica, determina a legislação do Município do Rio de Janeiro, o valor do Imposto Sobre Serviços de Qualquer Natureza (ISS) é parte integrante
e indissociável do preço do serviço, constituindo o seu destaque nos documentos fiscais mera indicação para fins de controle e esclarecimento ao usuário do serviço.
Quando o ISS for cobrado em separado, o seu respectivo valor deverá passar a integrar a sua própria base de cálculo, como se a importância cobrada ao destinatário fosse uma despesa.
Por exemplo:

• ISS COBRADO POR DENTRO DO PREÇO:
  Preço do Serviço sem ISS............................ ....R$ 1.000,00
  Inclusão do ISS no Preço:
  R$ 1.000,00 : 0,95% = ....R$ 1.052,63
  Preço do Serviço com ISS na Nota Fiscal ........................... R$ 1.052,63
  
  

• ISS COBRADO POR FORA DO PREÇO:
  Preço do Serviço sem ISS................................R$ 1.000,00
  Valor do ISS Cobrado Por Fora do Preço:
  R$ 1.000,00 x 5% =... (+) R$     50,00
  Valor Total Cobrado na Nota Fiscal = .......    
  ....................................  R$ 1.050,00
  Obs.: Neste caso, ao escriturar o livro RAISS - Registro de Apuração do ISS, o prestador de serviços deverá registrar, como valor da base
  de cálculo desse tributo, o valor correspondente
  ao total da Nota, ou seja, aos R$ 1.050,00, de forma que o valor do ISS, efetivamente devido
  ao Município do Rio, passe a corresponder a
  R$ 52,50 (5% de R$ 1.050,00), e não aos
  R$ 50,00 originariamente mencionados no documento fiscal.

(Decreto 10.514/91 - RISS-MRJ, artigo 14)